מצות עשה מן התורה לספור את ספירת העומר (ראו, למשל, בספר המצוות לרמב"ם, עשה קס"א), אלא שנחלקו הראשונים בשאלה מהו תוקפה של מצוות ספירת העומר בימינו. לדעת הר"ן ורוב הראשונים, ספירת העומר בימינו הינה מדרבנן בלבד, שכן ספירת העומר נועדה לשמש כמעין גשר שבין קרבן העומר המוקרב למחרת הפסח לבין קרבן שתי הלחם המוקרב בשבועות. בזמן הזה, שאין מוקרבים קרבנות, מקיימים את ספירת העומר אך כזכר למקדש ותוקפה הוא מדרבנן בלבד.
מיעוט מהראשונים, ובראשם הרמב"ם, סוברים כי גם בימינו ספירת העומר הינה מן התורה: "מצות עשה לספור שבע שבתות תמימות מיום הבאת העומר... ומצוה למנות הימים עם השבועות... מצוה זו על כל איש מישראל בכל מקום ובכל זמן" (תמידין ומוספין, ז, כד). בשיטה זאת הוסבר כי ספירת העומר נועדה לקבוע את מועדו המדויק של חג השבועות, שכן התורה אינה נותנת לו מועד מדוייק בלוח השנה (אלא רק קושרת אותו לזמן הקציר). והואיל וחובת שביתה ממלאכה בחג השבועות ואיסור עשיית מלאכה בו נוהגים בכל הזמנים, ללא קשר בהבאת קרבנות, כך גם ספירת העומר נוהגת בכל הזמנים (ראו במאמרו של הרב א' סמט, בהר בחוקותי תשס"ב, בימ"ד אלקט' של ישיבת הר עציון, וראו הסבר אחר בערוה"ש או"ח תפ"ט, ג).
המענין הוא שהבדלי גישות אלו דווקא התאחדו בשיטת ראשונים יחידאית(שנדחתה מפורשות על ידי הרמב"ם בספר המצוות עשה קס"א), אשר מנתה שתי מצוות נפרדות הנוגעות לספירת העומר. המדובר בשיטתו של רבנו ירוחם (תולדות אדם וחוה, נתיב חמישי חלק ד), הקובעת כי קיימת חובה של ספירת שבועות ("וספרתם לכם מיום הביאכם את עומר התנופה שבת שבתות תמימות תהיינה") וחובה עצמאית ונפרדת של ספירת ימים ("עד ממחרת השבת השביעית תספרו חמישים יום"). בעוד שחובת ספירת השבועות תלויה בהקרבת העומר ("מיום הביאכם את עומר התנופה") ועל כן נוהגת רק בזמן הבית (ובזמננו – מדרבנן כזכר למקדש), הרי שחובת ספירת הימים אינה תלויה בקרבן ועל כן נוהגת לדורות מן התורה.
